« Dans un entretien précédent, je me suis promis de revisiter Guix : un gestionnaire de paquet facilitant le provisionnement reproductible d'environnement logiciel. Plonger dans Guix peut paraître ardu de prime abord, et les 3 intervenants de cette épisode ne seront pas de trop pour me guider dans cette découverte. Dans cette épisode, nous parlerons des caractéritisques qui rendent le projet Guix vraiment unique : la reproductibilité logicielle, l'accent sur le contrôle donné aux utilisataires, et enfin son approche libre et communautaire. Je vous souhaite une très bonne écoute. »

« Deuxième épisode de l'édition française du podcast Code for Thought, sur la normalisation de données, le développement et la reproductibilité logicielle dans les humanités numériques. »

« Quand le papier fondateur d'un domaine de recherche… et 10 ans de politique sont invalidés parce que quelqu'un s'est enfin penché sérieusement sur votre feuille de calcul Excel. »

« Un tutoriel pour l'utilisation de Guix pour la reproductibilité des calculs. Ce lien a été signalé sur le forum Inria consacré aux questions de reproductibilité. »

« … et des bonnes_pratiques pour éviter ce genre de problèmes ! »

« L'histoire d'un conflit entre deux chercheurs renommés à propos de résultats d'une simulation numérique, qui ont mis sept ans à se rendre compte que le code de l'une des deux équipes contenait une erreur, indétectable à la seule lecture des articles. Le bug a été découvert en quelques semaines à partir du moment où le code a été communiqué. »

« Cet article discute une nouvelle étude publiée dans Nature qui indiquerait que seulement 35 à 75 % des résultats de psychologie publiés seraient reproductibles. L'étude en question ne porte que sur 21 articles publiés dans Science et Nature; les scientifiques auteurs des expériences initiales ont été mis dans la boucle pour certeines. Ce qui est intéressant est que les chercheurs du domaine semblent avoir une très bonne intuition a priori des études dont les résultats seraient bien réplicables... »

« Une actualité du centre Inria de Bordeaux qui souligne le départ d’un travail d’extension du logiciel GNU Guix pour une utilisation avec du HPC. Je recommande le lien donné dans cet article qui explique plus exactement le positionnement notamment par rapport aux conteneurs type Docker ou Singularity. »

« Maîtriser les erreurs de précision dans les programmes de calcul, comprendre les mécanismes qui en sont responsables, sujets essentiels pour le développeur de logiciels scientifiques, sont exposés avec beaucoup de pédagogie et dans un style attractif dans cette série de trois articles de Florent Langrognet (CNRS). Le deuxième sur les opérations peut être trouvé ici et le troisième sur mesurer et améliorer la précision là. »

« Un plaidoyer pour le partage des données et des codes utilisées dans les publications scientifiques. L'appendice présente notamment des liens vers des ressources intéressantes pour atteindre cet objectif (à noter que l'article ayant un peu plus de 3 ans, certains liens sont maintenant invalides). »

« Les supports de cours et TD d'une école très enrichissante organisée par le CNRS. Je recommande notamment de jeter un oeil sur les outils d'arithmétique stochastique Verrou, Cadna et Verificarlo pour débusquer les endroits où un calcul numérique n'est pas significatif en raison d'un problème de précision flottante. »

« Un article intéressant sur des erreurs fréquentes dans l'implémentation de codes scientifiques et la difficulté à les éviter. »

« Quelques exemples où la reproductibilité des calculs est perdue et quelques conseils. Inquiétant quand même... »

« Une réflexion sur le rôle du logiciel dans la reproductibilité de la recherche. »